クリア直後
カノコタウン
ハンサムからすごいつりざおを貰える。
外に出るとアララギ父に図鑑を全国図鑑にパワーアップしてもらえる。
ブラックシティ(ブラック)orホワイトフォレスト(ホワイト)など行けなかった場所に行けるようになる。
七賢人捜索
ハンサムにゲーチス以外の七賢人の捜索を頼まれる。下記の場所にいる七賢人に話しかけるとわざマシンがもらえる。
七賢人の居場所
- 14番道路 ジャロ/わざマシン08 滝を2回登ったところにいる。
- 18番道路 ロット/わざマシン32 下の砂浜にいる。
- 夢の跡地 アスラ/わざマシン75 赤いコーンで塞がれていた場所が通れるようになっている。地下には研究員トレーナーがたくさん。
- 冷凍コンテナ ヴィオ/わざマシン01 以前プラズマ団を発見した倉庫のコンテナの中に居る
- 古代の城 リョクシ/わざマシン04 メインシナリオで行った奥地の右の穴(クリア後追加マップ)を抜けた先。プラズマ団員と戦闘になるので注意。居場所の奥に固定シンボルのウルガモス（Lv.70）、シンクロで性格厳選可能。
- 電気石の洞窟 スムラ/わざマシン69 B2Fの一番下にいる。会話するとプラズマ団と2連戦。
七賢人と会話する度にハンサムから残り何人か教えて貰える。
六人全員と会話するとハンサムからNの目撃情報を教えてもらえる
キャモメの配達物
13番道路の橋の上にいるキャモメの配達物を集めると、報酬にわざマシン89「とんぼがえり」が貰える。
暴風雨が発生している状態でイベントをクリアするとフリーズするので注意。
場所
パラソルおねえさんにもらう
近くのアイテムボール
おじさんにもらう
夢の跡地のムシャーナ
クリア後、夢の跡地でいける場所が増えている。
金曜日に奥へ行くとムシャーナが固定シンボル（Lv.50）でいる。
特性は テレパシー で、通常持っていない特性(通常はよちむorシンクロ)。
ロトムゲット
15番道路にあるキャンピングカーの中で、メタモンと交換できる。
メタモンはジャイアントホール内部の草むらで出会える。
交換でもらえたロトムはピーピーマックスを所持している。
厳選は不可の模様。おとなしい性格でちょっぴり見栄っ張りで固定(個体値も固定)。
フォルムチェンジは9番道路のショッピングセンター1F右上の倉庫にある段ボールを調べると変更可能。
段ボールに入れたときに、技を覚える。以後、フォルムチェンジするたびに対応する技が変化していく
また、今作からフォルムチェンジをした場合、 ロトム自体のタイプも変化 するようになった。
ちなみにとくせいは「ふゆう」固定、タイプと覚える技は以下。
レンジ→でんき/ほのおタイプ(オーバーヒート)
せんたくき→でんき/みずタイプ(ハイドロポンプ)
れいぞうこ→でんき/こおりタイプ(ふぶき)
せんぷうき→でんき/ひこうタイプ(エアスラッシュ)
しばかりき→でんき/くさタイプ(リーフストーム)
もとにもどす→でんき/ゴーストタイプ(覚えてた技はわすれる)
強化版四天王
シナリオを終わらせた後再びポケモンリーグに挑むと、強化された四天王と戦える。
チャンピオンに勝つと、従来どおり殿堂入りになり、エンディングに切り替わる。
詳しい攻略は クリア後の強敵トレーナー
ポケモントレーナーのチェレン
5番道路で話しかけた後、チャンピオンロードで戦闘可能
ポケモントレーナーのベル
クリア後、アララギ博士の研究室で対戦可能。
強化版ポケモンリーグを勝ち抜いて2回目のEDを迎えると家から研究室に移動するもよう。土・日のみ対戦できる
サザナミタウンのポケモンセンター一番近くの建物内部で春と夏に対戦可能。ただし再戦できるのは春のみ(春に倒していない場合、夏でも一度倒すまで挑戦可能)。
ミカルゲが先鋒などシンオウ時代と似たような構成。
シロナの別荘には、春は四天王の女性陣、夏はジムリーダーの女性陣がランダムで登場（一人の時もあれば複数の時もあり）。セリフはそれぞれ3種類ほどあり日によって変わるっぽい？
ゲームフリークのモリモト
ヒウンシティのポケモンセンターすぐ右の道路の最初の右側の建物の22階で対戦可能。
ポケシフター
ライモンシティから16番道路、ワンダーブリッジ経由などで行くことが可能。
修行の岩屋
ソウリュウシティ左の9番道路の 草むらの先にある洞窟に入れるようになっている。
進むためにはフラッシュと波乗りが必須
ベテラントレーナーのタイガに注意。フルメンバーな上に強ポケぞろい、当たり前のようにマシンわざを撃ってくるため、モブだと思って軽く挑むとコテンパンにされる。
その他変更点
ホドモエシティの元プラズマ団
おこう系統のアイテムが買える。1個9600円と高い。
ビレッジブリッジのミネズミトレーナー
ビレッジブリッジで話した後、ワンダーブリッジでミネズミショーをやっている。正解するまで何度でもできる。
正解するとおおきなキノコが貰え、また次の日挑戦することができる
海底遺跡
ダイビングでサザナミ湾からいける。
ジャイアントホール
奥地にキュレムという伝説ポケモンが居る。がむしゃらをしてくる上に捕まえにくい。なみのり、かいりき必須
ほうじょうの社
手持ちにトルネロス、ボルトロスを加えて行くとランドロスが現れる。
ブラックならトルネロス、ホワイトならボルトロスの親IDは自分のものでなければならない。※つまり両方交換で手に入れたものでは意味がない。
ランドロスのシンボルが出た後はソフトにトルネロスとボルトロスが揃っていなくても出現している。どちらかを借りてイベントを起こした場合すぐに返していい。
サザナミシティの大富豪ブルジョワール家
最初は塾帰りの少年一人。ポケモン対戦ができる。毎日話しかけると１日につき１人ずつ対戦できる家族が増えていく。
6人目で打ち止めな上勝ち抜くと、再戦不可能になるので6人目で負けることを推奨。
主であるオヤジは海底遺跡の宝を高額で買い取ってくれる。
ポケモンを交換した人達とバトル
シッポウシティでチュリネとモンメンを交換したミニスカート
ホドモエシティでチラーミィとバスラオを交換した短パン小僧
話しかけるとバトル。
相手の使うポケモンは、こちらが交換に出したポケモンの進化系で、Lv64程度。
ニックネームや性別は、こちらが交換したポケモンのものとなっている。
ストーリクリア後、タワーオブヘブン頂上にチャンピオンのアデクが出現
過去について語るストーリーが発生
ジムリーダー
クリア後各ジムのジムリーダーからクリア前とは異なった話が聞ける
某3人のジムリーダーがあの場にいなかった理由が聞けたりもする
サザナミタウンのシロナがいる別荘にランダムで遊びに来る(女性のみ)